问题与最小修复

1. 调度接入缺口（已修复）：runner 只写 region_shadow_audit，没有写 ape.jev.flow_shadow，导致调度中心 ON 计划不会真正打开 Native Flow Shadow。新增一行配置输出，并通过 63 项 runner 测试。
2. Boundary→Completion 关联缺口（已修复）：JevFlowShadow.boundary() 清空了仍在进行的 Input，造成 6 条真实 Transition 缺少 input_id。现在只清除已有 input_confirmed 标记的完成项，保留 in-flight Input 到 completion；新增 Native 回归检查。
3. 退休 State 快照 NPE（已修复，设备端未复验）：Shadow audit safe point 在模型重建后对已退休 bucket source 自动拆箱空 Integer，真实 follow run 因此提前退出。快照现在跳过无索引的退休 bucket，避免 Shadow 阻断 APE。
4. Follow run BLOCKED（保留证据）：修复 2 尚未进入该 follow run 的 JAR；该 run 在约 305 秒触发 NPE，锁按调度规范保留，未手工删除、未自动重跑。后续设备端复验需要调度中心提供合法的 stale-lock reconciliation/新准入。

所有修复只改当前 Region worktree；没有改 Probe、Provider、SUPPRESS、原始 Pure 归档或其他设备任务。